
Jugador A va a patear. Jugador B quita la bandera y la deja en el green, en el suelo sin que nadie la toque. El jugador A, se prepara, mira caidas, etc y patea ...... se pasa tres pueblos y da a la bandera.
Yo entiendo que el jugador A incurre en una penalidad de 2 golpes segun la regla 17-3, pero alguien me ha comentado jugando que la penalidad debería ser para el jugador B que puso dejó la bandera dentro de green

Es simplemente por confirmar, que te hacen dudar hasta de tu propia sombra.

17-3. Bola que Golpea la Bandera o a Quien la Atiende
La bola del jugador no debe golpear:
a. La bandera cuando está siendo atendida, quitada o sostenida en alto;
b. La persona que está atendiendo o sosteniendo en alto la bandera o a cualquier cosa llevada por esa persona; o
c. La bandera en el agujero no atendida cuando el golpe ha sido ejecutado en el green.
Excepción: Cuando la bandera está atendida, quitada o sostenida en alto sin la autorización del jugador
– ver Regla 17-2
PENALIDAD POR INFRACCIÓN DE LA REGLA 17-3:
Juego por hoyos - Pérdida del hoyo;
Juego por Golpes - Dos golpes y la bola se jugará como repose